空气能热泵热水机组长期运行后，水侧换热器传热表面会沉积氧化钙或其它矿物质，这些物质在传热表面结垢较多时，会影响传热性能而导致耗电增加、排气压力过高(或吸气压力过低)。

可采用甲酸、柠檬酸、醋酸等有机酸清洗。决不能用含氯酸或氟化物的清洁药剂，因水侧换热器的材料是不锈钢，容易被其腐蚀，导致冷媒泄漏。清洗除垢过程中注意以下几个方面：

清洁水侧换热器须由专业人士进行。

在使用清洁药剂后，用干净水清洁水管以及热交换器，进行水处理以水系统被腐蚀或清洁后水垢再吸附。

使用清洁药剂的情况下，根据污垢沉积情况调节清洁药剂的浓度、清洁时间和温度。

在完成用酸洗清洁后，需对废液进行中和处理，处理后的废液需联系有关公司进行废液处理。

清洁药剂和中和药剂对眼睛、皮肤、鼻粘膜等有腐蚀作用，因此在清洁过程中须使用保护装置(如护镜、保护手套、保护面具、保护鞋等)以防止吸入或接触药剂。